所述方法包括如下步骤：a)将脂肪酶溶解于去离子水中形成酶溶液；b)将叶黄素浸膏溶解于含去离子水的醇溶剂中形成均一的醇溶液；c)向醇溶液中加入所述酶溶液进行水解反应，搅拌以得到叶黄素溶液；d)将叶黄素溶液进行过滤、压滤分离，以得到结晶；e)将所述结晶重新溶解于有机溶剂中，用去离子水洗涤水溶性杂质；f)回收有机溶剂，降温，以得到重结晶；以及g)将重结晶进行分离，再进行干燥以得到叶黄素晶体。本发明专一性较强，反应时间较短，不产生任何废水，工艺绿色环保，并且得到的叶黄素晶体纯度高，收率高，适于工业化生产。