以鱼油乙酯为原料,经过第1级精馏,第2和3级分子蒸馏联用工艺,分别在第2和3级分子蒸馏轻相出口接收EPA乙酯和DHA乙酯组分,从而得到高含量的EPA乙酯和DHA乙酯产品。由于通过本发明的方法细分了馏分,因此EPA乙酯和DHA乙酯的比例可以随意调整,大大提升了产品的价值,扩展应用范围,可以作为营养补充剂、药品、食品级食品添加剂使用,经济价值高。