本发明的方法包括步骤:a)将乙酯型鱼油经热交换器预热后进入脱气塔脱除低沸物;b)步骤a)中脱除低沸物后的物料进入生物柴油分离塔,从塔顶分离出生物柴油;c)生物柴油分离塔的塔底物料进入DHA和EPA分离塔,塔顶分离出EPA,塔底物料依次经过两级刮板蒸发器,分别得到DHA组分和重沸组分。通过本发明能实现DHA和EPA较好的分离,得到的EPA组分中DHA含量小于5%,DHA组分中EPA含量小于5%。