所述去除方法包括如下步骤：1)以葵花籽油脱臭馏出物为原料进行酯化醇解，以得到酯化醇解后的物料1；2)减压蒸发酯化醇解后的物料1中的溶剂和水分，以缓慢结晶，结晶后压滤分离出甾醇，以得到剩下的物料2；3)真空条件下蒸馏物料2，以先后去除甲酯和高沸组分，以得到正分样品；4)先用非极性溶剂溶解正分样品，再用极性溶剂对溶解后的正分样品进行萃取；然后用极性溶剂对得到的非极性溶剂相进行再次萃取，减压蒸馏再次萃取后的非极性溶剂相，以去除溶剂并得到去除高酸值组分的天然VE。本发明有效地降低了葵花籽油来源天然VE的酸值，天然VE的收率达到了95％以上。